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牙周脓肿是否需全身使用抗生素治疗仍有争议。一些学者不赞成全身使用抗生素，除非全身症状明显，有必要预防性用药，或感染不局限。另一些学者提倡在无法充分引流时，如肿胀弥散、疼痛剧烈的大脓肿，可首选全身抗生素治疗。抗生素的种类与使用疗程也存在争议。一些学者认为短期使用抗生素疗效良好。一些学者主张基础治疗后辅以抗生素。切开引流联合全身使用青霉素已取得很好疗效。奥硝唑也具有很好的疗效
Hafstrometal.（）提出了一种可保持更多牙周附着的保守治疗方案。即牙周袋引流后，消毒盐水冲洗，同时仅进行龈上刮治，服用四环素2周（1g/d）。此方案被用于20例脓肿，并追踪观察疗效（13例追踪天，7例追踪42天）。结果令人满意，牙周袋探诊深度平均减小4.3mm，附着平均增加3.8mm.作者得出两个结论：第一，建立引流很重要（最初4例脓肿没有引流，仅单纯服用抗生素，结果40天内2例复发）；第二，避免龈下刮治可以加速组织再生。
牙周袋深3—5毫米
SmithDavies（）观察了62例脓肿。其中22例在急性期被切开引流，同时全身应用甲硝唑。急性期后，进行了系统牙周治疗，包括口腔卫生措施，洗必泰含漱，洁刮治和根面平整，必要时还予以手术。3年追踪后，22颗治疗牙中14颗因牙周原因被拔除，仅有8颗得以保留。
顽固性牙周炎患者常发生脓肿。Fine（）报道了3名每年遭受3～6次脓肿的病人。对他们进行全口洁刮治，并依据龈下微生物培养和药敏试验合理选择抗生素全身治疗。这3名患者的治疗都获得了成功。Palmer（）报道了1例口服青霉素治疗成功的急性牙周脓肿，受损组织得到了完全的再生。此病例可能存在异物嵌塞，消除异物并辅以抗生素使得病损完全消退。
慢性牙周脓肿有时需切龈或翻瓣治疗，尤其那些伴有较深垂直性骨吸收的病例，只有手术才能缓解脓肿。外科手术也用于预防性洁治后出现的脓肿，手术可消除龈下残余牙石，建立引流。2例病例报道证明了这种治疗的有效性。翻瓣进行深部刮治，同时使用强力霉素冲洗也在超过50例患者身上取得良好疗效，但是科学数据不足。
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